恩曲替尼常见不良反应包括疲劳、便秘、味觉改变、头晕、水肿、体重增加、腹泻、恶心、肌肉或关节不适等。多数不适并不一定意味着必须停药，但需要记录出现时间和严重程度。
更需要留意的风险包括心功能异常、中枢神经系统反应、肝酶升高、高尿酸血症、QT间期延长、视力异常和骨折风险。若出现明显气短、下肢水肿加重、持续头晕、意识混乱、视力改变或黄疸，不能只当作普通乏力处理。
恩曲替尼治疗通常不是短期吃几天就结束，副作用观察也要贯穿整个用药过程。检查项目常见包括肝功能、心电图、尿酸、心脏相关评估，以及和当前症状相对应的影像或实验室检查。
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